基于進一步加大水環境綜合治理的迫切需要以及現行排水管理體制的實際情況，城建環資工委認為， 排水許可與排污許可可以并行實施，但必須在立法中明確界定兩證發放的范圍，為此《草案修改建議稿》規定：工業企業排水單位、污水處理企業以及污水排入自然水體的排水單位和個人，由環保部門發放排污許可證;污水排入市政排水設施的工業企業之外的其他生產、經營單位和個人，由水務部門發放排水許可證，從而避免 實踐中出現重復審批和多頭執法問題。在此基礎上，《草案修改建議稿》還對環保和水務兩部門的監管職責進行了明確劃分，防止出現交叉管理。
排污許可證制度是指凡是需要向環境排放各種污染物的單位或個人,都必須事先向環境保護部門辦理申領排污許可證手續,經環境保護部門批準后獲得排污許可證后方能向環境排放污染物的制度。
實施污染物排放許可證制度后，容許排污權交易是國內環保制度的重大創新。排污單位經治理或產業（包括產品）調整，其實際排放物總量低于所核準的允許排放污染物總量部分，經環保部門批準，允許進行有償轉讓。但是，由于在現行的管理安排中，采取的是由政府征收排污費的制度，是一種非市場化的配額辦法，而不是使用市場交易的方式。所以從國內的情況來看，將排污權的交易具體化為一項可以操作的制度安排，并加以實際實施，需要在運行機制上進行探索。2001 年９月，亞洲開發銀行資助的“二氧化硫排污交易制”在山西省太原市２６ 家企業試點，首開國內排污權交易之先河。
如何辦理
一、需提供的材料
1、有關環保合法的手續。新建企業和有新建項目的企業需提供環評報告和“三同時”驗收材料；2000年以前建成的企業需提供“一控雙達標”驗收報告。
2、排污許可證申請表一式2—4份。我市列入省163家重點污染企業的19家企業需填寫申請表4份（名單見附件1）；市屬企業填寫2份；市屬以下企業填寫3份（填表的具體要求及格式見范本）。
3、企業有關情況說明。包括生產情況（產品、產量、水耗、能耗、排污情況等），生產工藝及示意圖，各產品的生產周期、排污節點及排放規律，清潔生產水平，企業上年環保工作情況、存在問題及下年工作計劃。
4、有效的排污許可證監測報告1份。重點行業及重點企業需提供當年的監測報告，其他企業可提供上年的監測報告。排污許可證監測須由企業向污控處或縣、區環保局申請，由污控處或縣、區環保局委托市環境監測中心站監測；市環境監測中心站經后制定監測方案，經市局污控處審核同意后，監測部門按照監測方案進行監測。
5、有效的排污申報登記表1份。排污單位須如實填寫向當地環保部門進行排污申報。排污單位提交的申報數據經監察支隊審核認可后，方合法有效。
二、企業提出申請
市屬以下企業報送當地環保局初審，市屬及市屬以上企業直接報污控處審核。
三、環保部門審核、發證
對于市屬以下企業，縣（市、區）環保局根據有關規定，結合有效的監測報告、及該企業的環保表現，簽署初審意見，核定污染物排放量，并將初審意見及排污單位的一式3份報送；對于市及市屬以上企業，市環保局直接審核監測數據、申報數據，必要時現場核查的方式對市屬及以下企業審核、發證；對于省重點污染企業，市環保局簽署審核意見后，由企業報送省局審批。
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