整體來說，比色法和陽極溶出伏安法各有優缺點，比色法的理論較為簡單，方法的穩定性好，準確度高，儀器結構也較為簡單、價格便宜，易于維護。比色法的缺點是檢測下限一般在0.01ppm數量級，高于陽極溶出伏安法。另外，比色法受樣品的濁度和色度的干擾較大，但是這個可以通過加參比光來扣除，增強比色法的 適用性。比色法測實際樣品時，重復性一般可達到≦5%，準確度誤差可達到≦10%。
陽極溶出伏安法的理論較為復雜，所測的電流信號容易受很多因素的影響。理論上講，絕大多數物質都會產生電流信號，包括樣品中的有機物、可溶性物質、氣體均可產生電流信號。所以目前市場上現有的陽極溶出伏安儀器，均存在一個問題：測標樣可以測到較低濃度，尤其是單指標標液時，可以得到非常好的結果，但是測多指標的標液時，各元素之間會產生干擾，準確度變差，測實際樣品時，更是會產生很大的偏差。所以，陽極溶出伏安儀，在測實際樣品時，不如比色法適用。比色法遇到某些指標檢測下限達不到的情況，可以通過增加光程來檢測，遇到存在干擾物質的情況，通過加掩蔽劑來解決，而陽極溶出伏安法測實際樣品不準的情況，則很 難解決。陽極溶出伏安法測實際樣品時，準確度很難達到誤差≦10%，誤差較大時可能會達到≧50%。目前陽極溶出伏安法實際應用的領域仍限于比較干凈的地表水，但是仍存在儀器維護量大、數據不穩定、電極需要定期更換、測實際樣品時需要每次用加標法來測等問題。
關于試劑的毒性，兩者均是化學方法，很難避免使用有毒的化學試劑。近期有些文獻報道陽極溶出伏安法可以用毒性較小的鉍代替毒性較小的汞，但是這種代替會導致檢測下限的提高，而且會干擾銅元素的測定，另外，也解決不了陽極溶出伏安法測實際樣品不準的問題。
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